Las causas de la ambliopía no están claras. Según el especialista alemán Albert von Graefe, 'la ambliopía es aquel estado en el que el observador no ve nada y el afectado muy poco'. Esta definición irónica de la ambliopía implica la gran cantidad de pruebas específicas y exámenes oculares y visuales que debe de realizar el Óptico Optometrista para hallar las causas de una determinada ambliopía.

La ambliopía puede ser el resultado de un desuso prolongado del ojo desviado en el estrabismo (ambliopía estrábica); por la imagen borrosa formada en uno de los ojos en la anisometropía (distinta graduación óptica en cada uno de los ojos) mal compensada (ambliopía anisométrica); por la percepción de imágenes borrosas en uno de los ojos por un determinado defecto de refracción, como miopía o hipermetropía, mal compensado (ambliopía refractiva); por opacidades de los medios oculares en los niños, como por ejemplo cataratas congénitas (ambliopía por deprivación visual); por envenenamiento químico (ambliopía tóxica); por la excesiva ingestión de bebidas alcohólicas (ambliopía alcohólica) y del uso del tabaco (ambliopía nicotínica), etcétera.

Muchas de estas ambliopías referidas son puramente funcionales, y otras son orgánicas debido a anomalías patológicas o anatómicas. Este último tipo de ambliopía es debida a importantes carencias nutricionales en la infancia o a envenenamientos.